《合金都市》构建了一个近未来的虚拟世界，由于地球时空与平行时空同步，导致两个时空产生了像是“黑月”的通道，异界怪物入侵，少数地球人觉醒了异能，成为“神选之子”保护人类。而玩家在游戏中，就要扮演一名“神选之子”，与异种怪物战斗，与反派异能者对抗，探索游戏世界。