《双星物语2》的故事发生在一个充满魔法和机械的世界，主角们在天空中的浮游大陆上展开冒险，揭开隐藏在这些岛屿背后的秘密。拉格那是一名年轻的宝物猎人，驾驶着爱机“特里斯坦号”四处旅行；爱尔温则是魔族高级吸血鬼一族的公主，拥有强大的魔法能力。