本作发生在《幽浮2》事件的五年后，人类与外星人携手建立了一个共存共荣的文明。然而，并非所有地球居民都支持这样的跨种族联盟。 31城是后侵略世界的和平模范，却遭到打算破坏这个脆弱跨种族联盟的神秘组织反对。奇美拉战队，这支由人类与外星特务所组成的菁英队伍，必须协力消灭引发城市混乱的地下威胁。