在本作中，玩家将扮演“Agent 47”，一位历史上最为出色的终极刺客。游戏的故事从巴黎开始，Agent 47发现自己受了重伤，并且身陷险境。《杀手3契约》将会探索杀人者为了生存而无情杀戮的阴暗心理，将会是系列史上世界观最为阴暗的一部。