《仙剑奇侠传二》故事发生在一代的8年之后，剧情紧接一代，围绕王小虎、苏媚、沈欺霜、李忆如展开，讲述四人交织出一段错综复杂的故事。一代的主角以及全新人物在二代中出现，交待了前后两代发生过以及即将发生的感情恩怨纠葛。本作首次出现了御灵、虎煞、阵术、养蛊、喂毒等多种战斗和养成系统。