《失落的斯菲尔》的故事发生在一个由“记忆”所创造的世界，所有事物都有自己的记忆，一旦记忆消失事物也便不复存在。一名叫做Kanata的男孩儿，经历了一场他从未见过的异象，觉醒了能够改变世界的记忆之力，同时面对着一种威胁到现实世界的黑暗之力。为了阻止世界永远陷落在黑暗之中，他开始和伙伴们走上了一场拯救世界、重塑世界的旅程。