《蝙蝠侠：阿甘疯人院》的主要场景是阿卡姆疯人院，这是一个关押着蝙蝠侠亲手逮捕的罪犯的地方，其中包括许多蝙蝠侠的经典反派角色。玩家将阻止小丑及其犯罪团伙的阴谋，同时揭开阿卡姆疯人院背后的秘密和历史。除了蝙蝠侠本人，游戏中还会出现其他蝙蝠家族成员，如罗宾和蝙蝠女，他们在游戏中扮演辅助角色。